Dopo la capitolazione della Terra, oramai sotto il giogo degli invasori Umanoidi ( Illumidas), l'esiliato Harlock rinuncia alla lotta e decide di partire con il suo piccolo equipaggio alla ricerca di un posto migliore in cui vivere. Per la sua ricerca Harlock può contare sull'Arcadia, una gigantesca astronave da battaglia con un equipaggio di pirati, tra cui Tochiro, suo grande amico nonché progettista dell'astronave, il giovane Tadashi, una ragazzina, un dottore e infine Yuki, la figlia di un giornalista che cerca di fare una stampa libera contro la censura governativa.