Il capitano Harlock è un emarginato diventato pirata - alla guida di una astronave spaziale, l'Arcadia - dopo essersi ribellato al governo della Terra e l'apatia generale che caratterizza l'umanità dell'anno 2977. Il Governo Unificato della Terra guida un pianeta in pace, in cui le persone vivono in uno stato di perenne indifferenza rispetto a quello che accade nel mondo e intorno a esso. Le macchine hanno sostituito l'uomo nei lavori più comuni. A causa dell'avidità umana i mari sono stati quasi prosciugati e molti beni vengono attinti da altri pianeti perché ormai la Terra non ha più risorse. La classe dirigente, rappresentata dal Primo Ministro, è intenta solo a racimolare voti alle elezioni e a negare l'evidenza dei gravi problemi. Le persone che non condividono questo tipo di mentalità sono emarginate e considerate fuorilegge, come appunto Harlock e la sua ciurma o altri idealisti fuori di senno, come il professor Dayu e la sua famiglia.