Lopaka è un ragazzo polinesiano che vive nell'isola di Millhouse Illoka; suo amico è il delfino Flipper che lo ha salvato dall'annegamento tempo prima. Lopaka ha imparato da allora a respirare sott'acqua e a parlare con gli animali del mare; si divide tra la sua isola e la città affondata di Quetso, governata dai genitori di Flipper. Flipper e Lopaka devono scontrarsi con i loschi piani di Dexter, un polpo che vuole diventare padrone di Quetso, e dei suoi aiutanti, tre squali ed un serpente marino.