Le caratteristiche del cartone sugli X-Men ricalcavano in linea generale quelle dei fumetti disegnati da Jim Lee all'inizio del 1990, che comprendevano CiclopeWolverineGambitRogueTempestaBestiaJubileeJean GreyProfessor X, e un personaggio nuovo, Morph. Tuttavia non facevano parte di una squadra nella serie animata i seguenti X-Men, apparsi tutti come guest star al massimo in un episodio: ColossoNightcrawlerEmma FrostForgeHavokPolarisCannonballBansheeUomo GhiaccioArcangeloLongshotDazzlerSole ArdentePsylocke e Cable. Altri personaggi fecero dei camei. In alcuni episodi si vedono per brevi fotogrammi altri personaggi dell'universo Marvel. Durante la saga di fenice si notano per un istante Thor, Strange e Iron Man. Nell'episodio "l'Asteroide M" si vede di spalle nella foresta un uomo col mantello, si tratta molto probabilmente di Pantera Nera. Nell'episodio "Fenomeno ritorna" si vede un ologramma di Hulk nella stanza del pericolo. Nell'episodio "Vecchi soldati" ambientato in un flashback di Wolverine durante la seconda guerra mondiale c'è un vero e proprio cross-over con Capitan America.


1°Stagione
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2°Stagione
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3°Stagione
3°Stagione
4°Stagione
4°Stagione
5°Stagione
5°Stagione