La serie è ambientata dopo la morte di King Kong per la caduta da un grattacielo; la benefica scienziata Lorna Jenkins ne ha realizzato un clone, creato con il DNA dell'originale unito a quello del nipote Jason, e lo ha riportato sull'Isola del Teschio per proteggerlo dal mondo. Diciotto anni più tardi suo nipote Jason, ora studente universitario, e il suo amico Tan ricevono un'e-mail da Lorna che li invita sull'isola, sede della scienziata. Il loro insegnante Ramon De La Porta manomette l'e-mail, in modo che nel messaggio venga invitato pure lui. Arrivati sull'isola, Ramon svela i suoi veri interessi: rubare le 13 speciali pietre magiche nascoste in un tempio dell'isola, che tengono imprigionato un antico demone chiamato Chiros. Ramon riesce a rubare alcune delle pietre, con cui è intenzionato a conquistare il mondo, causando la liberazione di Chiros. Jason e Tan incontrano in loro soccorso Kong (con cui Jason, da piccolo, aveva stretto amicizia), e una sciamana di nome Lua. Per impedire a Ramon di conquistare il mondo, Jason, Tan, Lua e Kong cominciano un lungo viaggio intorno al mondo per recuperare le pietre, lottando anche contro i giganteschi mostri di Chiros, potenti quanto Kong. In più, Jason può utilizzare lo speciale potere dei cyber-link, affinché lui e la scimmia gigante possano mescolarsi e dare vita ad un furioso eroe combattente.