Ahiru (letteralmente "papera") è una paperella che un giorno vede ballare un bellissimo principe, il quale dopo aver perduto il suo cuore, sacrificato per sconfiggere il malvagio Corvo, è diventato una bambola senz'anima e priva di sentimenti. Innamorata di lui ed impietosita dai suoi occhi tristi, ultimo residuo della sua personalità perduta, Ahiru desidera con tutta se stessa di poterlo aiutare; il suo desiderio viene esaudito e grazie ad un magico medaglione donatole dal vecchio ed inquietante Drosselmeyer, diventa una giovane e goffa ragazza che frequenta una scuola di balletto. In caso di necessità il medaglione le permette di diventare Princess Tutu, magica principessa ballerina che ha il compito di ritrovare i frammenti del cuore del principe, in realtà il suo misterioso compagno di scuola e senpai Mytho, e restituirgli quindi i sentimenti perduti.