La banda è alle prese con la scuola e con i propri genitori in un paesino di nome Crystal Cove, il "posto più infestato della terra". Velma attira i visitatori nel museo del paese dove sono esposte le statue dei mostri che hanno smascherato e intanto cerca di approfondire i rapporti con Shaggy. I genitori di Shaggy e il padre di Fred, il sindaco (per poco), non vogliono far loro risolvere altri misteri perché pensano sia pericoloso. Quelli di Daphne non approvano il suo amore per Fred e i misteri. I ragazzi vengono contattati da un misterioso individuo chiamato Mr. E, il cui vero nome è Ricky Owens, che manderà diversi messaggi ed indovinelli attraverso i quali dovranno risolvere i vari misteri di Crystal Cove. Un altro problema è il diabolico professor Pericles, un personaggio sconosciuto che poi si rivelerà un brillante pappagallo dalla mente criminale (fuggito dal manicomio per animali) che conosce il segreto dell'originale Mystery Incorporated, una giovane squadra di investigatori che ad un certo punto scomparve in maniera misteriosa. Lui e Mr. E sembra siano nemici ed i ragazzi si troveranno nel mezzo. Il segreto sembra essere racchiuso in una specie di disco diviso in pezz chiamato Disco planisferico,i i quali una volta riuniti dovrebbero condurre ad un enorme tesoro all'origine di tutto. Inoltre si scoprirà che Fred è figlio di altri due ex membri dell'originale Mystery Incorporated, Brad Chiles e Judy Reeves, e che il sindaco Jones lo prese ai suoi genitori da piccolo quando costrinse la vecchia Mystery Incorporated a lasciare Crystal Cove.


1°Stagione
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2°Stagione
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