Protagonista della storia è Strawberry Momomiya (Ichigo Momomiya), una ragazza di 13 anni. Durante il suo primo appuntamento con Mark Aoyama (Masaya Aoyama), a una mostra sugli animali in via d'estinzione, viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie animale molto rara, il gatto selvatico di Iriomote. Da quel momento Strawberry è in grado di trasformarsi in Mew Berry (Mew Ichigo). I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryan Shirogane (Ryo Shirogane) e Kyle Akasaka (Keiichiro Akasaka), i quali la invitano a lavorare nel loro locale, il Caffè Mew Mew, usato come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: il Progetto Mew.